Để kiểm soát nước ăn uống và nước sinh hoạt, Bộ Y tế đã ban hành 2 Quy chuẩn kỹ thuật Quốc gia (thay cho Quyết định số 1329/2002/BYT-QĐ về Tiêu chuẩn Vệ sinh nước ăn, uống): QCVN 01:2009/BYT về chất lượng nước ăn uống và QCVN 02:2009/BYT về chất lượng nước sinh hoạt.

QCVN 01:2009/BYT quy định về chất lượng nước ăn uống gồm 109 chỉ tiêu giám sát; áp dụng đối với các cơ sở cấp nước tập trung dùng cho mục đích sinh hoạt có công suất từ 1.000 m³/ngày đêm trở lên

QCVN 02:2009/BYT chỉ quy định 14 chỉ tiêu giám sát, áp dụng với các cơ sở cấp nước quy mô nhỏ (< 1.000m³/ngày đêm) và các hình thức cấp nước hộ gia đình 01/2009/BYT

Quá trình áp dụng các quy chuẩn này kể từ khi ban hành tới nay đã gặp phải một số tồn tại cần phải khắc phục. Việc phân theo nước ăn uống và nước sinh hoạt là không cần thiết, bởi trong thực tế, khó có thể xác định một cách rõ ràng hai mục đích sử dụng này. Ngược lại, nước sinh hoạt thường được sử dụng luôn làm nước ăn uống tại các hộ gia đình.

Việc phân thành 2 loại chất lượng nước cũng tạo sự không công bằng đối với mọi người trong sử dụng nước, vô hình chung đã tạo ra sự bất bình đẳng trong tiếp cận nguồn nước đối với cư dân nông thôn và cư dân đô thị.

Thông tư 41/2018/TT-BYT (sau đây sẽ gọi tắt là TT41) v/v Ban hành quy chuẩn kỹ thuật quốc gia và quy định kiểm tra giám sát chất lượng nước sạch sử dụng cho mục đích sinh hoạt đã thống nhất thành một quy chuẩn chung, Quy chuẩn QCVN 01-1:2018/BYT về chất lượng nước sạch sử dụng cho mục đích sinh hoạt.

‘Quy chuẩn này áp dụng đối với tổ chức, cá nhân thực hiện một phần hoặc tất cả các hoạt động khai thác, sản xuất, truyền dẫn, bán buôn, bán lẻ nước sạch theo hệ thống cấp nước tập trung hoàn chỉnh; các cơ quan quản lý nhà nước về thanh tra, kiểm tra, giám sát chất lượng nước sạch; các phòng thử nghiệm và tổ chức chứng nhận các thông số chất lượng nước. Quy chuẩn này không áp dụng đối với nước uống trực tiếp tại vòi, nước đóng bình, đóng chai, nước khoáng thiên nhiên đóng bình, đóng chai, nước sản xuất ra từ các bình lọc nước, hệ thống lọc nước và các loại nước không dùng cho mục đích sinh hoạt’.

QCVN 01-1:2018/BYT bao gồm 99 chỉ tiêu, trong đó 4 chỉ tiêu về vi sinh, 4 chỉ tiêu cảm quan, 2 chỉ tiêu về phóng xạ, 89 chỉ tiêu về hoá học. Về quy định giám sát, Thông tư 41/2018/TT-BYT yêu cầu các đơn vị cấp nước phải thực hiện 8 chỉ tiêu nhóm A trong QCVN 01-1:2018/BYT; 91 chỉ tiêu còn lại giao cho các địa phương xây dựng quy chuẩn kỹ thuật địa phương phù hợp với đặc thù và điều kiện thực tế địa phương.

Mặc dù thừa kế các quy chuẩn đã ban hành, các tiến bộ khoa học đến thời điểm hiện tại, khắc phục các hạn chế trong quá trình thực hiện quy chuẩn chất lượng nước cũ, nhưng sau Thông tư 41, vẫn còn để ngõ một số vấn đề:

1. Đến nay vẫn chưa có quy chuẩn đối với chất lượng nước uống trực tiếp tại vòi; nước uống trực tiếp sau khi qua một số hệ thống lọc, khử khuẩn. Nước sạch nông thôn, nước sinh hoạt hộ gia đình hiện vẫn áp dụng theo QCVN 02:2009/BYT và không có hướng dẫn theo Thông tư 41.
2. Quan điểm quản lý chất lượng hiện đại, đều dựa trên cơ sở “đánh giá nguy cơ”. Đối với quản lý chất lượng nước, điều này phải được thể hiện trong bản kế hoạch cấp nước an toàn mà các cơ sở cấp nước tự lập và được phê duyệt. TT41 có đề cập nội dung này trong  Điều 5: đơn vị cấp nước có trách nhiệm lưu trữ hồ sơ, tài liệu chứng minh việc thực hiện “kế hoạch cấp nước an toàn theo quy định”; nhưng không có quy định hay hướng dẫn nào về việc lập kế hoạch này.
3. Hướng dẫn đánh giá hợp quy theo TT41 vẫn còn bất cập: Điều 8 của TT41 quy định: “Đơn vị sản xuất nước phải tiến hành đánh giá hợp quy theo phương thức đánh giá sự phù hợp quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 5 Thông tư 28/2012/TT-BKHCN của Bộ Khoa học và Công nghệ ”. Và phương thức này là Phương thức 1: Thử nghiệm mẫu điển hình! Với phương thức này, sự phù hợp mới đảm bảo được một vế là phù hợp các đặc tính kỹ thuật, và vẫn còn thiếu sự phù hợp các yêu cầu về quản lý để đảm bảo duy trì các đặc tính đó một cách bền vững.
4. Ngay trong việc thử nghiệm mẫu, việc vi phạm (vượt giới hạn cho phép) 1 hoặc một số chỉ số nào đó trong một, hoặc một số lần thử nghiệm nhất định, cũng không nhất thiết được xem là phạm quy. Tức là vẫn chưa có quy định rõ ràng về tiêu chí không phù hợp (phạm quy).
5. TT41 cũng chưa quy định rõ, khi xảy ra vi phạm (sự không phù hợp), đơn vị cấp nước phải có hành động khắc phục (sữa chữa, tìm hiểu nguyên nhân, ngăn ngừa tái diễn, báo cáo cơ quan chức năng, truyền thông cộng đồng) như thế nào.
6. Chuẩn chất lượng nước là như nhau đối với mọi đơn vị cung cấp nước, bất kể quy mô, vì liên quan đến sức khoẻ con người, do đó có thể mở rộng các chỉ số có khả năng xảy ra ở địa phương. Nhưng cần cung cấp “tiêu chí về sự phù hợp” một cách đầy đủ, rõ ràng, với các yêu cầu khác nhau có thể được thoả mãn, trên cơ sở cân bằng giữa giảm thiểu nguy cơ và chi phí. Với tiêu chí phù hợp, các cơ sở cấp nước với quy mô khác nhau có thể lựa chọn áp dụng linh hoạt, nhưng vẫn đảm bảo đạt chung một chuẩn chất lượng.

Tất cả các điểm đã đề cập từ (2) đến (6) đều cần được thể hiện đầy đủ trong bản kế hoạch cấp nước an toàn (WSP: Water Safety Plan) của các cơ sở cấp nước.

TT41 quy định áp dụng các quy chuẩn cũ về nước sạch (QCVN 01, 02:2009/BYT) cho đến hết ngày 30/6/2021 khi các Quy chuẩn kỹ thuật địa phương về nước sạch được ban hành và có hiệu lực, nhưng đến nay tiến độ xây dựng quy chuẩn kỹ thuật địa phương ở các tỉnh vẫn còn chậm.

(Đối với nước uống, nước khoáng thiên nhiên đóng chai thực hiện theo QCVN 6-1:2010/BYT. Nước đá dùng liền theo QCVN 10/2011/BYT. Cả 2 QC này đều phải dùng nước đạt QCVN 01:2009/BYT)

Đoàn Văn Hải